После взрыва во время Токийского саммита на сайте появляется тень Тору Амуро, сотрудника Бюро безопасности национального полицейского управления, также известного как Зеро. Также появляется трехликий Рэй Фуруя, известный как детектив и ученик Когоро Мори, но являющийся членом Черного синдиката по имени Бурбон. В результате всех этих событий Когоро ареставан по подозрению в причастности к взрыву. Конан начинает расследование, чтобы доказать невиновность Когоро. Какую роль в расследовании сыграет Амуро?
