Фильм является продолжением сериала Yu-Gi-Oh! Duel Monsters. Герои заканчивают школу, у всех свои мечты и цели. Кто-то хочет улететь за границу, кто-то хочет стать чемпионом дуэлей, а Юги хочет придумать новую игру. Главному сопернику Юги, Кайбе не дает покое то, что он так и не смог победить Атема, поэтому он одержим поиском Загадки Тысячелетия, в надежде вернуть своего главного оппонента. Однако на пути у наших героев появляется новая сила, которая может помешать им исполнить их цели.
